Im Jahr 1523 begann der damalige Pfarrer Jakob Wehe lutherisch zu predigen, doch erst als sich 1531 die freie Reichsstadt Ulm der Reformation anschloss, wurde Leipheim offiziell evangelisch, denn Leipheim gehörte damals zu Ulm. Der Weg dorthin war nicht ohne Leiden: Am 4. April 1525 fand vor den Toren Leipheims die erste Schlacht des Bauernkriegs statt, die mit einer vernichtenden Niederlage der Bauern endete. Am nächsten Tag wurden die gefangenen Anführer geköpft, darunter auch Pfarrer Jakob Wehe.
Die evangelische Insel im katholischen Umfeld mit der großen frühgotischen St.Veitskirche war bis 1919 Sitz des Dekanats, bevor es nach Neu-Ulm verlegt worden ist. Heute hat die Kirchengemeinde noch knapp 2000 Gemeindeglieder - auch Leipheim ist durch Zuzüge mehrheitlich katholisch geworden. Darum ist in Leipheim seit 2014 Maria Himmelfahrt (15. August) zum Feiertag geworden.
Zur Leipheimer Kirchengemeinde gehören auch alle evangelische Christen, die in den Bibertaler Ortsteilen Echlishausen, Bühl, Opferstetten und Silheim wohnen.
Große Bekanntheit hat Leipheim durch seine Kirchenmusik erlangt: Der Posaunenchor und die seit 1963 bestehende Konzertreihe „Stunde der Kirchenmusik" waren der Grund dafür, dass 2008 die neu errichtete Dekanatskantorenstelle nach Leipheim vergeben wurde.